Efectos sobre el medio ambiente

Desde el punto de vista medioambiental, los vegetales transgénicos con genes de resistencia a insectos representan una ventaja desde el momento en que reducen la utilización de insecticidas químicos, menos específicos que el insecticida
biológico presente en el propio vegetal. También los genes de tolerancia a herbicidas pueden representar una ventaja al permitir una mejor gestión del uso de los herbicidas, aunque en este caso existe también el riesgo de que algunos agricultores lo utilicen de forma excesiva, al no afectar al cultivo. Las consideraciones económicas probablemente limiten estos casos de uso innecesario. 
En cuanto al riesgo de que el polen del maíz transgénico pueda afectar a insectos no diana, se han realizado una serie de estudios tanto de laboratorio como de campo. En el primero de ellos, realizado por Losey et al. (1999) utilizando una especie tan emblemática como la mariposa monarca, se encontró que la alimentación forzada en el laboratorio de sus larvas con polen de maíz transgénico reducía significativamente su crecimiento y viabilidad. Sin embargo, tal como los propios autores señalaban, esto no representaba las condiciones reales, aunque evidenciaba la necesidad de realizar nuevos estudios. 
Los experimentos realizados posteriormente en condiciones de campo, con la propia mariposa monarca (Stanley-Horn  et al., 2001), o con otros insectos, han demostrado que el efecto lesivo de la  protección biológica frente a insectos es
inexistente o mínimo sobre las poblaciones de insectos no diana, comparado con la misma planta convencional sin ningún tratamiento. También ha quedado claro que
el uso de insecticidas químicos es mucho más perjudicial para estas poblaciones de insectos que el de la protección transgénica. 
El riesgo de paso de los genes de  resistencia a plantas salvajes se ha planteado como una posibilidad de creación de "supermalezas". Este planteamiento olvida que esto solamente es posible por polinización entre especies muy próximas, que en los casos de soja y maíz no existen en Europa, y que, en cualquier caso, los parientes salvajes de las plantas cultivadas no han representado nunca un problema como "malas hierbas". Además, el paso del gen de resistencia a un herbicida a una planta silvestre solamente implicaría que, si fuera necesario controlarla, haría falta utilizar otro distinto, de los muchos existentes en el mercado. De hecho, han aparecido ya algunos casos de resistencia de plantas
silvestres a determinados herbicidas como consecuencia de su uso intensivo, independientemente de la transgénesis, simplemente por “selección natural”. 
Por supuesto, en otros transgénicos distintos de los utilizados actualmente pueden aparecer riesgos ecológicos reales, como en el caso de los peces gigantes o de crecimiento acelerado, que exigen un estudio detallado antes de su autorización.
Precisamente por eso la base del examen de la seguridad de los transgénicos es el estudio “caso por caso”. 

http://www.aragon.es/estaticos/ImportFiles/12/docs/Areas/Seguridad_Agroalimentaria/Agencia_Aragonesa_Seguridad_Alimentaria/Dictamenes_informes/AASA/INFORME_RELATIVO_ORGANISMOS_GENETICAMENTE_MODIFICADOS.pdf